Vào ngày 10 tháng 1 năm 2006, Thủ tướng Chính phủ Phan Văn Khải đã nhấn nút khai trương Cổng Thông tin Điện tử Chính phủ (tiền thân là Website Chính phủ), hòa mạng internet toàn cầu và Báo Điện tử Chính phủ.[4][1]

Ngày 26 tháng 5 năm 2006, Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 05/2006/QĐ-VPCP về Quy chế tổ chức và hoạt động của cơ quan Trang tin điện tử của Chính phủ trên Internet.[5]

Ngày 1 tháng 9 năm 2013, ông Vi Quang Đạo được bổ nhiệm Phó Tổng Giám đốc Cổng Thông tin điện tử Chính phủ làm Tổng Biên tập Báo Điện tử Chính phủ thay cho ông Phạm Việt Dũng.[6]

Ngày 13 tháng 9 năm 2020, ông Nguyễn Hồng Sâm trở thành Tổng Giám đốc Cổng thông tin điện tử Chính phủ Việt Nam kiêm nhiệm Tổng Biên tập Báo Điện tử Chính phủ thay thế cho ông Vi Quang Đạo về hươu.[7]

Đến ngày 18 tháng 1 năm 2022, tại Hà Nội, Cổng Thông tin Chính phủ tổ chức Lễ khai trương Hệ thống giao diện mới của Cổng, Báo Điện tử Chính phủ và tòa soạn hội tụ dưới sự chứng kiến của Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam.[2][8]